Τα θρησκευτικά θέματα είναι αναμφισβήτητα τα πολυπληθέστερα στην κερκυραϊκή τέχνη του 17ου και 18ου αιώνα. Η ανάγκη εικονογράφησης των ναών που κατασκευάζονται αυτήν την εποχή και η ανάγκη διακόσμησής τους, καθώς και η παρουσία στο νησί πολλών κρητικών ζωγράφων ορίζουν το πλαίσιο μέσα στο οποίο αναπτύσσεται αυτή η θεματογραφική κατηγορία.

Η μικρή ομάδα αγιογραφιών του 17ου και 18ου αιώνα της Δημοτικής Πινακοθήκης που προέρχονται από την εκκλησία του Α’ Δημοτικού Νεκροταφείου της Κέρκυρας είναι έργα που τεκμηριώνουν τη σταδιακή απομάκρυνση από τα εικονογραφικά πρότυπα της βυζαντινής τέχνης και δείχνουν την ενσωμάτωση τύπων από την ιταλική, και ειδικότερα την βενετσιάνικη, τέχνη της Αναγέννησης, του Μανιερισμού και του Μπαρόκ. Οι δημιουργίες των κρητικών ζωγράφων Μιχαήλ Δαμασκηνού και Εμμανουήλ Λαμπάρδου, η «Αποτομή του Προδρόμου» και ο «Λιθοβολισμός του Αγίου Στεφάνου» του πρώτου και το «Μη μου Άπτου» του δεύτερου είναι τα έργα αυτά που μαζί με άλλα επηρεάζουν σε σημαντικό βαθμό τις επόμενες γενιές των κερκυραίων καλλιτεχνών.

Αντίθετα το έργο «Οι Άγιοι Πέτρος και Παύλος», άγνωστου καλλιτέχνη, φαίνεται να συνεχίζει περισσότερο τη βυζαντινή παράδοση μένοντας προσκολλημένη στους τύπους της. Η «Βρεφοκρατούσα» του Χαράλαμπου Παχή, έργο του 19ου αιώνα, αποδεικνύει σε ποιο βαθμό η κερκυραϊκή ζωγραφική έχει απογαλακτισθεί από τη βυζαντινή παράδοση. Ο καλλιτέχνης δέχεται επιδράσεις από την ιταλική τέχνη και ενδιαφέρεται περισσότερο για την ακρίβεια του σχεδίου, την πλαστικότητα των όγκων και τη συνεργασία ψυχρών και θερμών χρωμάτων. Χωρίς αμφιβολία αυτά που επικρατούν είναι τα ιδεαλιστικά στοιχεία που τονίζουν την εσωτερικότητα των μορφών. Στην ίδια κατεύθυνση κινείται και ο Γεώργιος Σαμαρτζής με έναν «Μυστικό Δείπνο», στον οποίο φαίνεται να επικρατούν στοιχεία που έχει επιβάλλει η ιταλική Αναγέννηση. Με τονισμένο τον ρόλο των αρχιτεκτονικών στοιχείων στην οργάνωση του χώρου, το πλούσιο χρώμα, τα συμβολικά στοιχεία, και τη μορφή του Χριστού στο κέντρο να κυριαρχεί, η παράσταση αποδεικνύει τη σχέση των κερκυραίων δημιουργών με τη δυτική τέχνη.
Παρόμοια χαρακτηριστικά εμφανίζονται και στη «Σταύρωση» του Φίλιππου Μάκοτσι, έργο του 20ου αιώνα, στο οποίο εμφανίζονται ιδιαίτερα τονισμένοι τύποι του μανιερισμού. Έκκεντρη σύνθεση, δυναμικά διαγώνια θέματα, έντονες χειρονομίες των μορφών, δραματικό περιεχόμενο, σχεδόν αντιρρεαλιστικό χρώμα και πλούσια γεωμετρικά στοιχεία είναι τα χαρακτηριστικά που επικρατούν σε αυτή την προσπάθεια.